Pelaksanaan pengelolaan keuangan negara selama ini pada dasarnya masih mengaacu pada Indische Comptabiliteitswet yang lebih dikenal dengan nama ICW Stbl. 1925 N0 448 yang telah diubah dan diundangkan dalam Lembaran Negara 1954 Nomor 6. 1955 Nomor 49 dan terakhir Undang_undang Nomor 9 Tahun 1968. Sementara itu, dalam pemeriksaan pertanggungjawaban keuangan negara digunakan Intructie enverdere bepalingen voor de Algemenne Rekenkamer (IAR) Stbl. 1933 No 320. Berbagai peraturan perundangan-undangan tersebut tidak lagi dapat mengakomadasi berbagai perkembangan yang terjadi dalam sistem kelembagaan Negara dan pengelolaan keuangan pemerintahan Negara Republik Indonesia.
Selain sudah tidak memadainya peraturan perundang-undangan, kelemahan pelaksanaan pengawasan juga ditimbulkan dari sistem penggaran yang rawan terhadap penyimpangan. Di samping itu, dalam melaksanakan fungsinya, lembaga pengawasan keuangan negara menghadapi berbagai kendala antara lain adalah adanya kerancuan pemahaman pengawasan dengan pemeriksaan, kurang jelasnya fungsi dan batas kewenangan lembaga/instansi yang secara fungsional mempunyai fungsi di bidang pengawasan, belum mantapnya koordinasi pengawasan dan lain sebagainya.
Dengan dikeluarkanya Undang-undang Nomor 17 Tahun 2003 tentang Keuangan Negara, telah terjadi perubahan mendasar dalam pengelolaan keuangan negara. Perubahan tersebut antara lain diberlakukannya Anggaran Berbasis Kinerja (ABK). ABK adalah anggaran pendapatan dan belanja pemerintahan yang disusun berdasarkan rencana kinerja tahunan yang merupakan gambaran aspek keuangan negara dari selruh kegiatan instansi pemerintah. Perubahan pengelolaan keuangan negara tersebut akan berpengaruh terhadap sistem pengawasan pengeolaan keuangan negara. Dengan anggaran berbasis kinerja, sistem pengawasan terhadap pengelolaan keuangan negara memerlukan penyesuaian yang cukup signifikan.
Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) menilai sejak paket tiga UU Keuangan Negara tahun 2003-2004 diterbitkan, implementasinya berlangsung sangat lamban dan hampir tidak ada satu pun jadwal waktu masa transisi yang disebut dalam undang-undang dapat terpenuhi. Pasalnya, belum ada upaya terpadu dari pemerintahan dalam mengimplementasikannya. Selain itu, terdapat permasalahan penting lainnya, yaitu sistem perbendaharaan negara belum sepenuhnya terkonsolidasi dalam suatu treasury single account. Kedua, sistem akuntansi umum belum selaras dengan sistem akuntansi instansi dan administrasi aset dan utang belum tertata baik. Ketiga, peranan anggaran budgeter masih tetap besar. Keempat, berbagai UU dan peraturan pemerintah di bidang keuangan negara masih bertentangan satu sama lain dan belum setara dengan semangat paket tiga UU Keuangan Negara. Kelima, belum terwujudnya anggaran berbasis akrual. Keenam, teknologi informasi belum terpadu. Selanjutnya, ketujuh rendahnya kualitas dan terakhir, sistem pengendalian intern belum berfungsi. Kemudian, salah satu penyebab lainnya terhadap lambatnya implementasi reformasi keuangan negara adalah faktor terbatasnya sumber daya manusia (SDM) yang memiliki kualifikasi pengelola keuangan negara dan pelaporan keuangan pemerintah.
Pertanggungjawaban atau tata akuntabilitas juga penting sekali untuk diwujudkan dalam pelaksanaan tugas sehari-hari, karena penggunaan sumber daya negara haruslah dipertanggungjawabkan secara jelas dan baik. Hal ini tentulah tidak hanya sekedar pertanggungjawaban membelanjakan dana/anggaran, akan tetapi juga hasil-hasil yang telah diperoleh untuk penggunaan sumber daya yang ada. Oleh karena itu setiap instansi pemerintah dituntut untuk memenuhi kinerja yang tidak hanya sepadan dengan sumber daya yang dipercayakan kepadanya, tetapi juga memenuhi output atau bahkan outcome dan impact yang menghasilkan manfaat bagi pihak lainnya. Membangun akuntabilitas keuangan negara diperlukan adanya keterbukaan untuk apa anggaran negara dibelanjakan serta hasil manfaat harus jelas pertanggungjawabannya. Pengawasan terhadap akuntabilitas keuangan negara tidak hanya melakukan pengawalan agar pengelola keuangan negara, on the track, tetapi mendorong untuk mampu menjawab setiap hal-hal yang menyangkut pertanggungjawaban manajerial, program dan lainnya.
Terkait dengan penyerapan anggaran, kiranya perlu dicamkan bahwa penyerapan anggaran yang rendah jelas menunjukkan kegiatan tidak efektif, sedangkan pemborosan maupun penyerapan yang tinggi namun tidak akuntabel merupakan bukti bahwa program/kegiatan tidak dilakukan secara efisien. SPIP diharapkan mampu berperan dalam menciptakan penyerapan yang berkualitas prima. Dengan 5 (lima) unsur SPIP mulai dari lingkungan pengendalian, penilaian risiko, kegiatan pengendalian, informasi dan komunikasi, serta pemantauan, SPIP dapat memberikan kontribusi yang signifikan dalam permasalahan penyerapan anggaran. (dari berbagai sumber)